《洞洞杂货店》与《洞洞杂货铺》互为姊妹篇，同样是一部温馨治愈的奇幻漫画，但视角聚焦于城镇另一端一家更为古老、名为“洞洞”的杂货店。这家店的店主是一位温柔且能看见“缘分之线”的青年药师白夜，他制作的药水与香囊，皆能治愈人心看不见的伤痕。故事围绕一位因父母离异而充满不安的小女孩小满展开，她误入这家不起眼的小店，被白夜收留为小帮手。在帮助形形色色的客人寻找“解药”的过程中，小满不仅见证了无数泪水和笑容，也在一瓶瓶神奇的药水里，找到了自己内心缺失的那块拼图，明白了家的定义在于爱而非形式。
小满的父母决定为了她尝试复婚。在杂货店门口，白夜递给她一瓶名为“勇气”的药水。小满喝下后，感到一股暖流涌遍全身，她跑向父母，紧紧地拉住了他们的手，三个人的影子在夕阳下终于融为一体。
一位患有阿尔兹海默症的老奶奶，每天都会来店里买同一款铃铛。白夜悄悄告诉小满，那不是普通的铃铛，而是能让人短暂回忆起最幸福时光的“记忆催化剂”。老奶奶每次摇响铃铛时，脸上都会浮现出少女般的羞涩笑容。
一位事业有成的中年人，买下了“悔恨糖浆”想向已故的父亲道歉。当他喝下糖浆后，他“看”到了父亲临终前紧握着他照片的画面，并听到了一声模糊的“原谅你”。他跪在店中痛哭失声，终于得以释怀。
小满戴着“分色眼镜”出去玩，发现世界在她眼中分成了温暖的色彩和冰冷的灰影。她看到那些面带笑容但心怀恶意的人身上笼罩着灰影，也看到那些默默付出的人散发着金色光芒，这让她第一次看清了人心的复杂与美好。
一个失去弟弟的男孩，买下了一朵“许愿蒲公英”。他对着蒲公英吹气，许愿能再见弟弟一面。当晚，他在梦中与弟弟在游乐场尽情玩耍，醒来时虽然满脸泪痕，但内心却充满了再次相见的勇气。
小满因父母争吵而离家出走，躲在一个屋檐下避雨。她看到了对面那家散发着温暖橘黄色灯光的小店，犹豫着走了进去。白夜看着浑身湿透、像只流浪猫一样的小满，温柔地递给她一杯热可可，并为她点燃了一支能安抚心灵的“安宁香”。